Ponad osiem wieków temu w czasach, gdy formowało się państwo japońskie, niejaki Daisuke z rodu Togakure ukrył się w lasach w prowincji Iga na południu Japonii. Daisuke, niegdyś poważany i bogaty samuraj, w wojennej zawierusze stracił wszystko, co posiadał, nawet swój honor. Błąkając się po niegościnnych pustkowiach spotkał buddyjskiego mnicha biegłego w sztuce walki, który zwał się Kain Doshi.
Doshi, chiński mistyk, opuścił ojczyznę targaną wstrząsami politycznym i w poszukiwaniu samotności i oświecenia dotarł do Japonii. Daisuke postanowił przyłączyć się do niego, w zamian za co Doshi obiecał nauczyć go sztuki walki i sposobów zwiększenia wytrzymałości. Aby posiąść te umiejętności, samuraj musiał wykazać się ogromną dyscypliną fizyczną, emocjonalną i duchową. Po latach ćwiczeń i medytacji Daisuke wyszedł z lasu i pokazał światu swoją sztukę. On to dał początek legendzie rodu Togakure, należącego do najsłynniejszych rodów wojowników ninja. Szpiedzy i zabójcy ninja szkolili się w ninjitsu - sztuce skrytego podchodzenia i zabijania. Działający pod osłoną ciemności, zawsze z zaskoczenia, ci "wojownicy nocy" często osiągali cel wykorzystując metody pozwalające uniknąć bezpośredniej konfrontacji. Sztuczki i fortele służyły uśpieniu czujności przeciwnika, aby ten nawet nie zdawał sobie sprawy, że grozi mu niebezpieczeństwo. Dzięki szczególnym umiejętnościom, ninja unikali bezpośredniego starcia, które pociągało za sobą ryzyko schwytania lub śmieci. Zamiast tego woleli odczekać i zadać śmierć w najmniej spodziewanej chwili. Sztuka ninja, w formie, w której nauczył się jej Daisuke, została opracowana przez doskonale wyszkolonych w rzemiośle wojennych banitów, którzy uciekli z oddziałów japońskich generałów, oraz przez mnichów buddyjskich z odłamu zwanego Shugendo, nie uznawanego przez tradycyjną arystokrację buddyjską. Obie grupy w poszukiwaniu samodoskonalenia i mistycznego oświecenia, ok. 1024 roku schroniły się w niedostępnych lasach prowincji Iga. Chińscy mnisi, m. in. Kain Doshi, znaleźli uczniów wśród japońskich uciekinierów, którzy z czasem stali się założycielami największych rodów wojowników ninja. Sztuka walki ninja została sformalizowana dopiero przez prawnuków pierwszych adeptów, wśród których był wspomniany założyciel jednego z rodów - Daisuke Togakure.
Większość rodzin pochodziła z gór na południu Honsiu - największej wyspy Japonii. Było ich 70, największym poważaniem cieszyły się rody Iga-ryu i Koga-ryu. Niektóre rody specjalizowały się w konkretnych technikach walki. Na przykład Koto-ryu skoncentrowali się na opracowaniu "twardych" technik, łamiących kości, które później przekształciły się w karate i łagodniejszą sztukę samoobrony - jujitsu. Inne rodziny specjalizowały się w posługiwaniu różnymi rodzajami broni, na przykład w miotaniu stalowymi gwiazdkami zwanymi shuriken, a jeszcze inne opracowywały coraz doskonalsze techniki wywiadowcze i zakłady własne, rozległe siatki szpiegowskie. Wkrótce ninja zaczęli cieszyć się reputacją niezwyciężonych wojowników, a ich niezwykłe umiejętności zadawania śmierci w połączeniu z opanowaną do perfekcji sztuką kamuflażu sprawiały, że wielu ludzi uważało iż obdarzeni są oni nadprzyrodzonymi mocami. Opowiadano historie o ninja wstających z grobów, chodzących po wodzie i zamieniających się w zwierzęta. Zamaskowani, pojawiający się znikąd, ubrani na czarno wojownicy budzili wśród swoich ofiar wielki strach. Nic więc dziwnego, że posądzano ich o zdolności magiczne. Niezwykłe metody stosowane przez ninja były jednak jedynie elementem taktyki, dającej im psychologiczną przewagę nad przeciwnikiem. Ninja długo obserwowali swoje potencjalne ofiary, dzięki czemu mogli później dokładnie przewidzieć każde jej posunięcie i uderzać tam, gdzie nikt nie spodziewał się ataku. Aby osiągnąć taki poziom wyszkolenia, przyszli mistrzowie śmiertelnej sztuki walki zaczynali ćwiczenia już w wieku chłopięcym. Adepci musieli nauczyć się władać mieczem, łukiem, kijem bo, shurikenem i innymi rodzajami broni będącej wówczas w użyciu. Ćwiczono też sztukę walki wręcz. Elementami szkolenia były pływanie, nurkowanie, wspinaczka, a także ćwiczenia, które miały nauczyć przyszłych ninja, jak przetrwać dłuższy czas bez jedzenia i wody.
Młodzi adepci ninja panowali niemal całkowicie nad swoim ciałem. Potrafili np. wyłamywać sobie stawy, dzięki czemu mogli się później łatwo uwolnić z więzów lub przecisnąć przez niewielkie otwory. Klasycznym ćwiczeniem zwiększającym wytrzymałość był szybki bieg ba bardzo długim dystansie. Aby sprawdzić, czy adept biegnie wystarczająco szybko, na jego piersi umieszczano słomianą matę, którą musiał trzymać tylko opór rozcinanego przez biegacza powietrza. Stopniowo zwiększano dystans biegu i niektórzy ninja podobno potrafili przebiec bez odpoczynku nawet 80 km. Innym ćwiczeniem na wytrzymałość było wielogodzinne zwisanie z gałęzi drzewa. Ćwiczenia to rozwijało siłę i wytrzymałość mięśni rąk, a ponadto pozwalało pokonać barierę bólu. Ninja doskonalili również poruszanie się w ciemnościach i sztukę kamuflażu. Specjalne kroki pozwalały przemieszczać się niema bezszelestnie. Opanowanie tych umiejętności pozwalało ninja wyłaniać się i znikać w ciemnościach jak duchy, w całkowitej ciszy. Kolejne etapy wtajemniczenia w arkana sztuki ninja obejmowały takie elementy jak włamywanie się, wspinanie po pionowych ścianach, sporządzanie i czytanie map oraz określanie pozycji w terenie. Adept ninja musiał perfekcyjnie opanować wszystkie te umiejętności, być nadludzko silny i wytrzymały oraz niezwykle odporny psychicznie. Musiał tez nauczyć się opatrywać rany i leczyć wszelkie dolegliwości. Ninja nie zawsze jednak mogli liczyć na osłonę ciemności. Często, aby stać się "niewidzialnymi", korzystali z przebrania dostosowanego do grupy lub regionu, w których ninja miał zadanie do wykonania. Ze względu na bardzo wyraźne w owych czasach różnice społeczne, ninja musieli uczyć się zwyczajów i języków obowiązujących w różnych miejscach i posiąść szereg innych umiejętności, specyficznych dla danych grup społecznych. Ninja musiał więc być dobrym aktorem. Równie łatwo musiał umieć zamienić się w żebraka, chłopa, jak w mnicha lub bogacza.
W terenie ninja poruszali się szybko i bez pozostawiania śladów. Wyposażeni jedynie w niezbędną broń i ekwipunek byli w stanie przetrwać najgorsze warunki. Tradycyjny czarny strój w zimie zmieniali na biały, byli więc niewidoczni na śniegu. Sam strój miał wiele kieszonek, w których ninja nosili ekwipunek niezbędny do wykonania zadania i przeżycia. Do pokonywania przeszkód służyła tzw. musubinawa - lina z końskiego ogona, cienka i lekka, ale wytrzymująca ciężar dorosłego mężczyzny. Każdy ninja miał przymocowane do nadgarstków ne-kade, czyli tzw. kocie pazury. Był to trójzębny metalowy chwytak, który pozwalał wspinać się na drzewa i mury. Każdy miał tez przy sobie bambusową rurkę, umożliwiającą oddychanie, kiedy płynął pod wodą albo zakopywał się w piasku.
Z czasem sława niepokonanych wojowników ninja dotarła na dwory miejscowych możnowładców, którzy zaczęli wynajmować ninja, aby walczyli po ich stronie. Wkrótce też ninja zaczęli szkolić wojska w sztuce zabijania. W latach 70-tych XVI wieku przeciwko ninja wystąpił Nobunaga Oda, który usiłował podporządkować sobie cały kraj. Doskonały taktyk, nie dał się omamić legendzie otaczającej ninja i zorganizował wyprawę przeciwko nim. W 1579 roku doszło do krwawej bitwy między samurajami Oda i ninja z prowincji Iga ninja odnieśli druzgocące zwycięstwo. Rozwścieczony Oda doprowadził do kolejnej konfrontacji w 1581 roku. Tym razem siły wroga były tak przeważające, że ninja zostali dosłownie wycięci w pień przez samurajów. Ci, którzy przeżyli, schronili się w górach. Oda podporządkował sobie 20 spośród 66 japońskich prowincji, a kiedy zmarł, jego następcy udało się zjednoczyć cały kraj. Nie było już lokalnych konfliktów, zatem nie było też zapotrzebowania na usługi wojowników ninja. Sztuka skrytego zabijania powoli degenerowała się i coraz mniej ludzi chciało się jej uczyć. Rody ninja rozpadły się i wygasały. Kolejni mistrzowie umierali, nie mając komu przekazać swe sztuki. Przez chwilę wydawało się nawet, że starodawna sztuka walki zostanie całkowicie zapomniana.
Wielu badaczy było przekonanych, że ninjitsu zaginęło w mrokach historii po rozproszeniu wojowników XVI wieku. Okazało się, że potomkowie dawnych rodów przez te wszystkie wieki w tajemnicy praktykowali i doskonalili techniki walki, dzięki czemu filozofia i tajniki sztuki ninja przetrwały do dziś. Od jakiegoś czasu obserwuje się renesans zainteresowania wschodnimi sztukami walki. Nic więc dziwnego, że i sztuka ninjitsu stała się znowu bardzo popularna. Tajemniczy, ubrani na czarni, obdarzeni niemal nadludzką siłą skrytobójcy ninja stali się idolami świata przestępczego i kina. Dzieci na całym świecie z zapartym tchem oglądają przygody wojowniczych żółwi, które opanowały do perfekcji sztukę ninja i stosują ja, żeby zwalczać wszelkie zło. Obecnie ninjitsu zaczęło być postrzegane nie tylko jako sztuka walki, ale również - a może przede wszystkim - jako życiowa filozofia.
Wojownicy ninja posługiwali się wieloma rodzajami broni. W ich rękach nawet z pozoru nieszkodliwe przedmioty mogły być śmiertelnie niebezpieczne.